양도소득세 환급을 위한 경정청구를 거부한 것은 부당하다고 본 사례

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【제      목】 피상속인이 쟁점 토지에 8년 이상 거주하면서 직접 경작하였다 인정되는바 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아 양도소득세 환급을 위한 경정청구를 거부한 것은 부당하다고 본 사례

【사건번호】 조심2008서418, 2008.8.12.  

【주문】
  ○○○세무서장이 2007.10.22. 청구인의 2007년 귀속 양도소득세 6,011,100원의 환급을 위한 경정청구를 거부한 처분은 이를 취소한다.
  
【이유】
  1. 처분개요
  가. 청구인(1928년생)은 폐쇄등기부등본상 청구인의 남편 김○○○(이하 "피상속인"이라 한다)가 1972.2.5. 매매를 원인으로 취득한 것으로 되어 있는 경상남도 ○○○ (이하 "쟁점 토지"라 한다)의 3/8을 1989.11.15. 피상속인으로부터 상속받았다가 2007.5.18. 청구외 문○○○에게 양도하고 2007년 귀속 양도소득세를 예정신고ㆍ납부하였다.
  나. 청구인은 쟁점 토지를 청구인의 남편이 취득한 후 경상남도 ○○○에 8년 이상 거주하면서 직접 경작하였으므로 쟁점 토지가 조세특례제한법상 8년 이상 자경농지에 해당한다는 이유로 2007.7.31. 기 신고ㆍ납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
  다. 처분청은 피상속인이 1978.7.26.부터 ○○○때부터 경작하다가 피상속인의 부 김○○○이 1967.5.15. 사망함에 따라 피상속인이 상속취득한 농지로서, 장남인 피상속인이 1975년도에 공직생활을 퇴직한 이후 고향에 돌아와 노모를 봉양하며 정미소를 운영하면서 직접 자경한 농지인바, 처분청은 쟁점 토지의 폐쇄등기부등본을 근거로 피상속인이 쟁점 토지를 매매로 취득하였다는 의견이나, 피상속인이 쟁점 토지를 피상속인의 부친이 사망한 1967년도 보다 나중인 1972.5.5.에 취득하였다는 것은 이치에 맞지 않을 뿐만 아니라, 피상속인이 퇴직 후 쟁점 토지 소재지에 거주하였으나, 주소지만 피상속인이 광복 이후 소유자인 일본인(강전시주마)을 대신하여 관리하던 쟁점 주소지에 둔 것으로서, 이는 주민등록이 전산화되기 이전 피상속인의 ‘세대별 주민등록표’상에 1974.2.9. 피상속인이 모친이 거주하던 경상남도 ○○○로 퇴거한 것으로 기록된 것에 의하여 확인되는바, 청구인이 1974.2.9. 쟁점 토지 소재지에 전입한 것으로 볼 경우, 1989.11.15. 사망시까지 약 15년 9개월동안 쟁점 토지 소재지에 거주한 것이 되어, 쟁점 토지는 조세특례제한법에서 규정하는 8년 이상 자경한 농지에 대한 양도소득세 감면대상 토지에 해당된다.
  (2) 청구인이 쟁점 토지를 직접 경작하였다는 것을 입증할 객관적인 증빙은 오랜 시간의 경과로 인하여 제출할 수는 없으나, 당시 쟁점 토지 소재지에 거주하던 농민들이 피상속인의 거주 및 경작사실을 확인하고 있으며, 청구인과 청구인의 시모 및 피상속인이 집안대대로 운영하던 ○○○를 쟁점 토지 소재지에서 운영한 사실이 확인되고, 처분청에서도 쟁점 토지의 공동상속인인 청구인의 자(차남) 김○○○이 이 건과 같은 취지로 양도소득세 경정(환급)청구한 것에 대하여 처분청 재산세1과에서는 쟁점 토지가 8년 이상 자경에 따른 양도소득세 감면농지에 해당하는 것으로 보아 환급결정한 사실에 비추어, 청구인과 청구인의 자(장남) 김○○○의 경정청구에 대하여 청구인의 주소지를 관할하는 처분청 재산세2과에서 이를 거부통지한 처분은 부당하다.
  
  나. 처분청 의견
  (1) 주민등록등본상 피상속인의 퇴직 후 주소지는 쟁점 주소지○○○로 되어 있으며, 호적등본상 1989.11.15. 쟁점 주소지에서 사망신고를 한 것으로 기재되어 있으므로 피상속인이 쟁점 토지 소재지에 거주하지 아니한 것으로 판단되며, 피상속인이 쟁점 토지를 1967.5.15. 상속으로 취득하였다고 주장하나, 쟁점 토지의 폐쇄등기부등본상에는 피상속인이 쟁점 토지를 1972.5.5. 매매를 원인으로 취득한 것으로 1980.7.26. 접수된바, 피상속인이 쟁점 토지를 상속취득한 사실이 확인되지 아니하는 점 등에 비추어, 피상속인이 쟁점 토지 소재지에 8년 이상 거주한 사실이 확인되지 아니하므로 청구인의 경정청구에 대하여 거부통지한 처분은 정당하다.
  (2) 청구인은 인우보증서 외에 농지원부 등 피상속인이 쟁점 토지를 직접 경작한 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙은 제출하지 못하는바, 이건 경정청구 거부통지처분은 정당하다.
  
  3. 심리 및 판단
  가. 쟁점
  청구인이 상속받은 쟁점 농지가 조세특례제한법 제69조에서 규정하는 8년 이상 자경농지로서 양도소득세 감면대상 토지에 해당하는지 여부
  
  나. 관련법령
  (1) 조세특례제한법(2007.12.31. 법률 제8827호로 개정된 것)
  제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)
  
  (2) 조세특례제한법 시행령(2008.1.11. 대통령령 제20544호로 개정되기 전의 것)
  제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자"라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 "한국농촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.
  1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
  2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
  ④ 법 제69조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 토지"라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
  ⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작"이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.
  
  다. 사실관계 및 판단
  조세특례제한법 제69조 및 같은 법 시행령 제66조의 규정에 의하면 양도소득세가 면제되는 자경농지는 첫째, 경작자가 농지 경작당시 농지소재지에 8년 이상 거주할 것, 둘째, 경작자가 농지취득일로부터 양도일까지 8년 이상 자경할 것, 셋째, 양도당시 농지일 것을 요건으로 하는바, 이 건은 쟁점 토지가 양도당시 농지인 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고, 피상속인이 쟁점 토지 소재지에서 8년 이상 거주하면서 쟁점 토지를 직접 경작하였는지 여부에 대하여 다투고 있다.
  (1) 처분청의 경정청구 검토조서(2007.10.19)를 보면, 양도당시 쟁점 토지의 지목은 전이나, 피상속인이 쟁점 토지 소재지에 거주하면서 직접 경작한 사실을 입증할 만한 객관적인 증빙이 부족하므로 경정청구를 수용할 수 없다고 되어 있다.
  
  (2) 쟁점 토지의 등기부등본을 보면, 청구인과 청구인의 자 김○○○ 및 김○○○이 1989.11.15. 피상속인이 사망함에 따라 상속을 원인으로 쟁점 토지를 공동상속하였다가, 2007.4.19. 매매를 원인으로 청구외 문○○○에게 양도한 사실이 확인되고, 쟁점 토지의 폐쇄등기부등본에는 피상속인이 쟁점 토지를 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법(1977. 12.31. 법률 제3094호로 제정된 것)에 의거 1972.2.5. 매매를 원인으로 취득한 것으로 되어 있으나, 청구인은 실제로는 피상속인이 상속받은 농지라고 주장하고 있다.
  
  (3) 피상속인이 쟁점 토지 소재지에서 8년 이상 거주하였는지 여부에 대하여 본다.
  (가) 청구인은 피상속인이 1974.2.9. 쟁점 토지 소재지로 퇴거한 이후부터 1989.11.15. 사망당시까지 쟁점 토지 소재지에 거주하였으며, 쟁점 주소지는 피상속인이 공직생활하는 동안 거주하던 곳으로서 1975년 상반기에 퇴직한 후에는 실지 거주한 사실이 없고, 단지 광복이후 일본인(강전시주마) 소유 주택에 대한 부산시의 관리방침에 따라 광복당시 전세거주자이었던 피상속인이 다른 가구 세입자들에게 임대를 주고 월세를 받아 온 주택이라고 주장하는바, 쟁점 주소지의 건물등기부등본에는 청구외 일본인(강전시주마가)이 1943. 3.18. 소유권을 취득한 것으로 나타난다.
  (나) 피상속인의 주민등록사항에 대하여 보면, 처분청에서 확인한 청구인의 주민등록정보(행정자치부장관, 2008.1.29)에는 청구인이 피상속인이 공직을 퇴직한 후인 1978.7.26. 현재 세대주로 되어 있는 쟁점 주소지○○○에 전입하였고, 1980.11.22.∼1982. 8.16. 약 1년 9개월 동안은 쟁점 토지 소재지에 거주하였으나, 1982. 8.17. 다시 쟁점 주소지로 전입하였다가 1986.7.15. 쟁점 토지 소재지로 전출한 것으로 나타나고 이는 청구인의 주민등록표 초본에 의하여 확인되며, 피상속인의 제적등본에는 피상속인이 1989.11.15. 쟁점 주소지에서 사망한 것으로 기재되어 있는 반면, 청구인이 제출한 주민등록 전산화 이전의 세대별 주민등록표에는 피상속인이 1974.2.9. 쟁점 주소지에서 쟁점 토지 소재지인 경상남도 ○○○로 퇴거된 것으로 나타나고, 피상속인의 제적등본에는 피상속인의 모친 이○○○이 쟁점 토지 소재지에서 1986.12.17. 사망한 것에 대하여 피상속인이 같은 달 18일 "동거하는 친족"으로서 신고하였다고 기재되어 있다.
  (다) 청구인○○○이 사업자등록이 되어 있는 용원정미소의 사업장 주소지는 쟁점 토지○○○와 같은 동 49번지이며, 1945.9.1. 개업하였다가 1988.5.25. 직권폐업된바, 청구인은 피상속인의 증조부때부터 조상대대로 운영하였으며, 피상속인이 공직에 재직할 당시에는 피상속인의 부친이 운영하다가 피상속인의 부친이 1967.5.15. 사망한 후로는 청구인이 같은 시 ○○○으로 이사하여 시모를 모시면서 머슴을 데리고 운영하였고, 피상속인이 공직을 퇴직한 후에는 청구인과 피상속인이 함께 운영하면서 농사를 지었으나, 피상속인이 사망하고 청구인이 1991년 서울특별시에 거주하는 자 김○○○과 합가하면서 폐업하게 된 것이라고 주장하고, 쟁점 토지 소재지○○○에 거주한 청구인 김○○○ 등의 인우보증인 3명은 거주확인서(2007년)에서, 피상속인이 퇴직 후 청구인과 쟁점 토지 소재지에 살면서 노모를 모시고 정미소를 운영하면서 전답을 경작하였음을 확인하고 있다.
  (라) 심판청구대리인은 2008.7.3. 조세심판관회의에 출석하여 쟁점 토지 폐쇄등기부등본에는 쟁점 토지를 피상속인이 매매로 취득하였다고 되어 있으나, 구 토지대장부상에는 피상속인의 증조부가 소유권을 갖고 있다가 피상속인에게 이전한 것으로 되어 있는바, 폐쇄등기부상에 매매로 되어 있는 이유는 당시 1977년도에 제정된 부동산소유권이전등기둥에관한특별조치법에 따라 소유권에 관한 등기를 함에 있어서 취득원인을 상속으로 하기 위하여는 관련 자손들의 상속포기서 등을 모두 받아 제출해야 하는 등 절차가 복잡하여 상속을 원인으로 하지 아니하고 형식상 매매를 원인으로 소유권을 이전하게 된 것이라고 의견진술한바, 쟁점 토지의 구 토지대장부에는 청구외 김○○○가 피상속인에게 매매를 원인으로 소유권을 이전한 것으로 나타나며, 청구외 김○○○가 피상속인의 증조부인 사실은 피상속인의 제적등본에 의하여 확인된다.
  (마) 위 사실관계 등을 종합하여 살펴보면, 처분청은 피상속인이 공직을 퇴직한 이후에도 사망시까지 쟁점 주소지에 거주한 것이 청구인의 주민등록정보 등에 의하여 확인된다는 의견이나, 쟁점 토지가 피상속인의 증조부로부터 피상속인에게 소유권이 이전된 농지인 점, 피상속인이 1974.2.9. 쟁점 토지 소재지로 퇴거한 사실이 구 세대별 주민등록표에 의하여 확인되고 있는 점, 피상속인의 제적등본에 의하면 피상속인이 쟁점 토지 소재지에서 모친과 동거하면서 1986.12.18. 모친의 사망신고를 한 것으로 기재된 점, 청구인이 1945.9.1. 개업한 용원정미소의 사업자로 등록된 점 및 청구외 김○○○ 등 인우보증인이 이와 같은 사실을 확인하고 있는 점 등에 비추어, 피상속인이 쟁점 주소지에서 공직을 마감한 후에는 청구인과 함께 쟁점 토지 소재지에 실제 거주하면서 쟁점 토지를 경작하였다는 청구주장에 신빙성이 있는 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠다.
  
  (4) 피상속인이 쟁점 토지를 8년 이상 직접 경작하였는지 여부에 대하여 본다.
  (가) 심판청구대리인은 2008.7.3. 조세심판관회의에 출석하여 피상속인이 거주하였던 쟁점 토지 소재지 마을이 1992년도에 수몰지구로 지정되어 마을이 없어지고 오랜 시간이 경과하여 피상속인이 쟁점 토지를 실지 경작한 사실을 객관적으로 증명하기에는 어려움이 있으나, 쟁점 토지가 조상대대로 물려받은 농지이며, 피상속인이 쟁점 토지 소재지에 거주하면서 1940년대부터 집안에서 운영하여 ○○○를 청구인과 함께 운영하면서 쟁점 토지를 직접 경작한 사실을 인우보증서를 통하여 확인할 수 있으므로 쟁점 토지를 피상속인이 경작한 것으로 인정하는 것이 타당하다고 의견진술하였다.
  (나) 청구인은 당시 쟁점 토지 소재지 거주자들로부터 거주 및 경작확인서를 받아 제출한바, 쟁점 토지 소재지 같은 동 통장 김○○○ 등 3명은 경작사실확인서(2007년 5월)에서 피상속인이 1960년대부터 쟁점 토지를 자경하여 오다가 사망한 이후에는 청구인이 자경한 사실이 있음을 확인하였다.
  (다) 청구인과 공동상속인인 피상속인의 자 청구외 김○○○이 쟁점 토지 양도와 관련하여 처분청에 대하여 이 건과 같은 취지로 한 경정청구에 대하여 처분청 재산세1과에서는 쟁점 토지가 8년 이상 자경에 따른 양도소득세 감면농지에 해당하는 것으로 보아 양도소득세 환급결정을 한 사실이 확인된다.
  (라) 살피건대, 처분청은 농지원부 등 객관적인 증빙이 없다는 의견이나, 쟁점 토지가 양도당시 농지인 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없고, 청구인과 공동상속인인 피상속인의 자 김○○○의 경정청구에 대하여 처분청이 이미 환급결정한 사실이 있으며, 1945년도에 개업한 ○○○를 청구인이 운영한 사실이 확인되는 점, 청구외 김○○○ 등의 인우보증인이 이와 같은 사실을 확인하고 있는 점 및 쟁점 토지가 피상속인의 조상으로부터 물려받은 농지인 점에 비추어, 피상속인과 청구인이 쟁점 토지를 실지 경작하였다는 청구주장이 신빙성이 있는 것으로 판단하는 것이 타당성이 있다 하겠다.
  
  (5) 따라서, 처분청이 피상속인이 쟁점 토지에 8년 이상 거주하면서 직접 경작한 사실이 확인되지 아니한다는 이유로 쟁점 토지에 대하여 조세특례제한법령에서 규정하는 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상이 아니라고 보아, 2007.10.22. 청구인의 2007년 귀속 양도소득세 환급을 위한 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
  
  4. 결론
  이건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다